Pada tahun 1857-1863 telah berlaku perang saudara antara Tun Mutahir dan Tun Ahmad. Perang saudara ini terbahagi kepada kepada tiga peringkat, iaitu Peringkat Pertama, yang juga dikenali sebagai Perang Kemaman dalam tahun 1857, Peringkat Kedua, yang juga dikenali sebagai Perang Endau & Kuantan dalam tahun 1861, dan Peringkat Ketiga, yang juga dikenali sebagai Perang Temai yang berlaku pada awal tahun 1863 yang berakhir dengan tragedi kemangkatan Tun Mutahir dua beranak akibat luka parah di Kuala Sedili pada bulan Mei 1863.
Perang Peringkat Pertama (Perang Kemaman)
Perang Kemaman ini terjadi hanya selang beberapa bulan sahaja selepas kemangkatan Bendahara Tun Ali. Perang ini menggunakan kaedah tipu helah dan pertolongan Sultan Baginda Omar dari istana Terengganu. Sultan Baginda telah mengerahkan Orang Besarnya membantu Tun Ahmad jika tidak mahu dihukum bunuh. Bendahara Tun Mutahir pula mendapat surat dari istana Terengganu yang kononnya mengecam tindakan Tun Ahmad dalam persiapannya untuk melanggar Pahang. Pada masa yang sama British telah memaklumkan Sultan Terengganu bahawa baginda boleh masuk campur hal-ehwal Pahang dengan restu Inggeris. Tetapi pihak Inggeris telah sekeras-kerasnya menghalang Temenggung Ibrahim iaitu Temenggung Johor yang merupakan sekutu kuat Tun Mutahir dari masuk campur dan perkara ini dimaklumkan jua didalam surat Inggeris ke Sultan Baginda Omar. Dengan restu senyap-senyap Inggeris, Tun Ahmad mengumpul tenaga di Singapura.
Tun Mutahir yang merasa lapang dengan berita ini telah melonggarkan kawalan negeri serta menitahkan puteranya Tun Koris ke Singapura untuk berkahwin dengan puteri Temenggung Ibrahim Johor. Pemergian Tun Koris ditemani oleh adindanya Tun Aman dan Tun Da beserta beberapa orang pengikut. Semasa ketiadaan putera-putera Tun Mutahir, Tun Ahmad melanggar Pekan dan Gancong dalam masa beberapa hari sahaja. Banyak harta dapat dirampas termasuklah dari istana Gancong. Dalam peristiwa tersebut, Tun Ahmad sempat dilantik oleh orang Kemaman sebagai Bendahara Siwa Raja. Kejadian ini berlaku hanya lebih kurang 5 bulan selepas kemangkatan Bendahara Tun Ali pada tahun 1857. Walaubagaimanapun, Pekan dan Gancong kemudiannya dapat ditawan semula sekembalinya putera-putera Tun Mutahir dari Singapura dan strategi mengusir Tun Ahmad dan para pengikutnya disusun dengan lebih kemas dan teratur. Pada tahap ini, kesemua rakyat Pahang beserta para pembesarnya berada di pihak Tun Mutahir.
Perang Peringkat Kedua (Perang Endau & Kuantan)
Perang Peringkat Kedua (Perang Endau & Kuantan) berlaku dalam tahun 1861. Kali ini ikhtiar Tun Ahmad untuk menawan Pahang mendapat sokongan dan dokongan dari salah seorang Orang Besar Berempat Pahang yang paling berpengaruh, iaitu Maharaja Perba dari Jelai yang bernama Tok Raja Wan Idris. Peristiwa Tok Raja berpaling tadah berpunca dari kemunculan Sultan Mahmud Syah Lingga yang baru dimakzulkan oleh Belanda dalam tahun 1857. Sultan Mahmud yang pergi ke Pekan, Pahang dalam tahun 1858 telah disambut dengan penuh adat istiadat oleh Bendahara Tun Mutahir. Dalam waktu ziarah baginda ke Pekan, berlangsung 3 majlis perkahwinan, iaitu diantara baginda dengan puteri Tun Mutahir, antara putera Tun Mutahir dengan saudara perempuan Sultan Mahmud dan juga kemudiannya diantara seorang lagi puteri Tun Mutahir dengan putera Temenggung Johor ketika itu yang bernama Enche Wan Abu Bakar (kemudiannya menjadi Sultan Johor yang pertama dari darah Temenggung). Dalam tempoh ini tiada sebarang ura-ura yang menunjukkan bekas Sultan di Lingga itu menuntut Bendahara Tun Mutahir agar merajakan baginda di bumi Pahang. Kemudiannya Sultan Mahmud telah pergi ke daerah Jelai buat beberapa bulan lamanya, iaitu sebuah jajahan Maharaja Perba Tok Raja. Tok Raja merupakan raja bagi rakyat Jelai dan sangat dimulia dan dibesarkan oleh mereka.
Terdengar khabar berita dari Jelai yang mengatakan Tok Raja berpaling sembah. Tidak berapa lama kemudian, Tok Raja dan puteranya Wan Muhammad telah mengiringi angkatan bekas Sultan Lingga itu kembali ke Pekan. Tun Mutahir yang mendapat khabar tentang tindakan Tok Raja mengubah kesetiaannya, tentang persiapan Tun Ahmad untuk melanggar Pahang buat kali kedua, serta mendapat surat dari British pula yang memberikan amaran keras kepadanya supaya jangan melindungi Sultan Mahmud, dengan ancaman untuk menyerang Pahang, telah bersikap dingin sekembalinya Sultan Mahmud ke Pekan.
Sultan Mahmud kemudiannya berangkat ke Terengganu dengan diiringi oleh Tok Raja berserta puteranya Wan Muhammad untuk berjumpa dengan Sultan Baginda Omar, ayah saudara baginda. Selepas itu, Sultan Mahmud pergi menemui Tun Ahmad di Kemaman. Di sini, baginda telah memberikan restunya atas ikhtiar Tun Ahmad untuk menawan negeri Pahang dan menyuruh Tun Ahmad mengambil khidmat dari Tok Raja. Semasa Sultan Mahmud berada di Terengganu, British telah membedil Kuala Terengganu kerana Sultan Mahmud dilindungi di Terengganu. Akibat daripada ini, Sultan Mahmud serta keluarganya lantas pergi ke Bangkok mencari bantuan.
Semasa ketiadaan Tok Raja dua beranak di Pahang, anakandanya yang bernama Wan Embong yang menjadi penggantinya sebagai ketua di jajahan Jelai telah mencetuskan suatu pemberontakan. Pemberontakan ini tercetus semasa ketiadaan Tun Mutahir (baginda berada di Dungun pada waktu itu), dan ada kena mengena dengan tindakan ayahanda dan saudara Wan Embong berpaling tadah kepada Tun Mutahir. Dalam pemberontakan tersebut, Wan Embong akhirnya dibunuh oleh para pengikut Tun Mutahir. Tok Raja yang mendapat perkhabaran mengenai kematian puteranya itu langsung bertekad untuk membalas dendam dan bersedia mencurahkan segala tenaga dan kesetiaannya pada Tun Ahmad.
Dalam tempoh terjadinya Perang Saudara Peringkat Kedua di Pahang, telah terjadi suatu peristiwa dimana buat pertama kalinya semenjak kemangkatan Tun Ali, timbul isu kewujudan surat wasiat Al-Marhum, dimana Tun Ahmad mendakwa kekandanya melanggar amanat ayahanda mereka menurut surat wasiat tersebut. Gabenor Cavenagh yang mendapat maklumat mengenai isu surat wasiat tersebut telah bertindak berjumpa sendiri dengan Tun Mutahir bagi mendapatkan pengesahan baginda. Dalam pertemuan tersebut, Perdana Menteri Engku Sayyid telah memaklumkan kepada Cavenagh bahawa surat wasiat tersebut sebenarnya merupakan suatu komplot salah seorang isteri Tun Ali. Beliau juga menegaskan bahawa Tun Ali telah sempat berwasiat kepada Tun Mutahir untuk mengusir Tun Ahmad dari negeri Pahang kerana telah maklum akan siasahnya.
Dalam perjumpaan tersebut, Cavenagh telah meminta Tun Mutahir untuk ke meja rundingan bagi menyelesaikan masalah yang berlaku antaranya dengan Tun Ahmad. Cavenagh juga mendapat jaminan dari Tun Mutahir untuk memberikan sara hidup kepada Tun Ahmad walau apapun keputusan yang bakal dibuat dalam rundingan yang bakal diadakan itu. Tun Ahmad yang pada masa itu sedang terkepung di Kuantan telah berjaya meloloskan dirinya kerana kawalan keselamatan yang longgar (penumpuan keselamatan difokus pada Cavenagh dan pengikutnya). Surat perjanjian yang ditandatangani oleh Tun Mutahir mengenai hal kesediaan baginda ke meja rundingan telah dihantar kepada Tun Ahmad, namun surat tersebut ditolak bulat-bulat oleh Tun Ahmad, dan menegaskan bahawa ia akan tetap menawan Pahang samada hidup atau mati. Rundingan itu berlaku dalam Tun Ahmad terkepung dan campurtangan pihak Britishlah yang melepaskan Tun Ahmad.
Maharaja Perba Tok Raja yang amat berpengaruh di daerah Ulu Pahang ketika itu telah memberi sokongan dan dokongan pada Tun Ahmad. Kesetiaan rakyat Jelai pada Tun Mutahir juga mula dicurigai kerana mereka lebih setia pada Tok Raja. Walaubagaimanapun Perang Saudara Peringkat Kedua tetap tidak memihak pada angkatan Tun Ahmad, walupun pada mulanya pihak Tun Mutahir menghadapi tentangan yang hebat darinya. Setelah terkepung, Tun Ahmad dan para pengikutnya berjaya meloloskan diri dan berundur kembali ke Terengganu, kemudian pergi menuju ke Kelantan dan berdiam diri di situ sehinggalah tercetusnya Perang Saudara Peringkat Ketiga dan yang terakhir.
Perang Saudara Peringkat Ketiga (Perang Temai)
Perang Saudara Peringkat Ketiga (Perang Temai) tercetus dari suatu kejadian pemberontakan yang dicetuskan pada awal tahun 1862, oleh salah seorang kerabat Tok Raja (Wan Daud) yang ingin membalas dendam di atas kematian saudara sepupunya Wan Embong. Sebilangan rakyat di Ulu Pahang yang didenda oleh Tun Aman kerana mengkhianati Bendahara Tun Mutahir juga masuk ke kem Wan Daud. Bagaimanapun, bilangan mereka tidak banyak. Oleh itu, orang-orang Rawa (orang luar) seramai 400 orang telah diupah untuk melakukan pemberontakan di kawasan Ulu Pahang. Pada mulanya pemberontakan nampak berpihak pada Wan Daud dan para pengikutnya, tetapi dapat dicantas oleh angkatan Tun Mutahir. Wan Daud beserta orang-orangnya telah dapat dikepung.
Susulan darinya, Wan Daud telah menghantar utusan pergi berjumpa dengan Tok Raja yang ketika itu bersama dengan Tun Ahmad di Kelantan bagi meminta pertolongannya. Tok Raja bersetuju untuk kembali membantu pemberontakan di Ulu Pahang dengan mendapat restu dari Tun Ahmad. Sekembalinya Tok Raja ke tanah jajahannya telah menaikkan semangat orang-orangnya yang terus membuat keputusan menyokong pendiriannya. Pemberontakan demi pemberontakan yang berlaku di Ulu Pahang akhirnya telah memihak kepada Tok Raja, beberapa daerah kecil jatuh ke tangan para pemberontak tersebut. Dengan keyakinan baru, Tok Raja dengan para pengikutnya menjemput Tun Ahmad kembali ke Pahang. Sampai di Tembeling, Tun Ahmad telah disambut secara besara-besaran. Dalam tempoh beberapa bulan berikutnya, Tun Ahmad dengan dokongan Tok Raja serta rakyatnya di Ulu Pahang telah berjaya mengambil satu demi satu daerah Pahang.
Beberapa perkara yang terjadi dalam tempoh ini telah dilihat sebagai faktor yang merugikan pihak Tun Mutahir. Antaranya ialah sikap menantunya iaitu Temenggong Abu Bakar yang agresif dalam tindak-tanduknya membantu Tun Mutahir menangkis serangan dari kem Tun Ahmad dan Tok Raja. Dalam keadaan Tun Mutahir tersepit itu sekonyong-konyong British memberi restu kepada Temenggung Abu Bakar Johor iaitu putera Temenggung Ibrahim untuk masuk campur. Walhal Almarhum Temenggung Ibrahim dihalang sekeras-kerasnya. Berbanding dengan ayahandanya, Temenggung Abu Bakar lebih disenangi Inggeris. Bantuan Temenggung Abu Bakar itu bukanlah percuma walaupun Tun Mutahir itu mertuanya. Tun Mutahir terpaksa menerima kerana hanya Johor sanggup membantu memandangkan seluruh Tanah Melayu ketika itu bergolak dengan hebat.
Temenggung Abu Bakar telah membuat suatu pengisytiharan bahawa Pahang telah diamanahkan di bawah jagaannya, atau seperti kenyataannya kepada beberapa pemerintah di Tanah Melayu bahawa sudah terserah negeri Pahang itu kepada Seri Paduka anakanda jahat baiknya. Temenggung Abu Bakar juga menawarkan hadiah bernilai $500 pada sesiapa yang dapat membunuh Tun Ahmad. Malangnya, sikap agresif yang ditunjukkan oleh Temenggung Abu Bakar telah menimbulkan kemarahan para pembesar tempatan di Pahang yang melihat tindakan baginda sebagai suatu campurtangan dari orang luar yang cuba mengambil alih kekuasaan dari mereka dalam urusan perang saudara di Pahang itu. Gabungan angkatan perang Temenggung Abu Bakar dari Rembau, Perak, Muar, dari tempat-tempat lain dan askar-askar upahan Bugis juga telah menyebabkan Orang-Orang Besar Pahang mula merasa tergugat dan terpinggir.
Pihak Tun Ahmad cepat-cepat mengambil kesempatan dari sini untuk mengisytiharkan perang sabil dengan teriakan; kerana wajib mempertahankan orang yang mahu membinasakan negeri kita. Susulan darinya, rakyat Pahang mula berpecah, ada yang masih setia kepada Tun Mutahir, namun ada yang mengalih sokongan kepada pihak Tun Ahmad. Kini perang saudara tidak lagi dilihat sebagai perang antara adik beradik, tetapi menjadi perang diantara orang Pahang dengan orang luar. Oleh kerana orang luar ini dilihat sebagai pendokong utama kepada Bendahara Tun Mutahir, maka bagindalah yang menjadi mangsa keadaan. Selepas Maharaja Perba, Orang Kaya Temerloh dan Orang Kaya Lipis pula berpaling tadah. Hanya Orang Kaya Chenor dan Orang Kaya Syahbandar sahaja yang masih setia kepada Tun Mutahir.
Muslihat British yang terus menerus membiarkan orang Jelai dan angkatan Tun Ahmad dari Kemaman melakukan pemberontakan dan menghuru-harakan negeri Pahang untuk beberapa bulan lamanya telah juga turut membantu perjuangan Tun Ahmad untuk menawan bumi Pahang. Akhirnya, Tun Mutahir dan anakandanya Bendahara Muda Tun Koris mangkat semasa baginda sedang berundur di Kuala Sedili dan terus dibawa ke Johor dan dimakamkan di Tanjung Puteri. Dalam pelarian tersebut, Wan Koris telah mangkat di Kuala Pahang dan Wan Mutahir mangkat di Kuala Sedeli.
Dalam keadaan yang menyedihkan ini putera Tun Mutahir iaitu Tun Aman (Abdul Rahman) diangkat oleh Orang-Orang Kaya dipimpin oleh Orang Kaya Syahbandar sebagai Raja Bendahara Seri Maharaja, mengambil gelaran Almarhum ayahandanya serta meneruskan perjuangan Al-Marhum ayahandanya. Baginda dilantik dengan beradat menurut tradisi Bendahara-Bendahara dan Raja-Raja. Perjuangan Al-Marhum Tun Mutahir Tun Ali diteruskan oleh anakandanya Tun atau Engku Abdul Rahman (Wan Aman) sebagai Raja Bendahara Seri Maharaja, Engku Da (Wan Da) dan Engku Abdullah (Wan Abdullah). Tun Abdul Rahman yang dilantik sebagai Bendahara Seri Maharaja selepas kemangkatan ayahanda serta kekandanya Tun Koris telah bekerja keras bersama kedua-dua adindanya selama beberapa tahun untuk menuntut kembali teraju pemerintahan negeri Pahang. Malangnya, takdir tidak berpihak kepada mereka.
Buku-buku sejarah yang memperincikan perjuangan Tun Abdul Rahman telah mencatatkan bahawa Sultan Abu Bakar Johor, yang pada asalnya bergelar Temenggung telah memerintahkannya menolong dalam perang saudara di Selangor serta mencari pengaruh dan bantuan dalam ikhtiarnya untuk merampas kembali kekuasaan dari bendahara Tun Ahmad. Kali terakhir catatan mengenai Tun Abdul Rahman memperihalkan peristiwa dimana ia ditawan oleh Sayyid Mashur di Kelang iaitu dalam tahun 1871. Adinda Tun Abdul Rahman yang bernama Tun Da itu kemudiannya dikatakan berbaik semula dengan Bendahara Tun Ahmad dan kembali semula bermastautin di Pahang. Keturunannya dikatakan masih berkembang biak di Tembeling.
Itulah serba ringkasnya sejarah sebenar peristiwa perang saudara di Pahang. Akhirnya, diharapkan semoga pensejarahan ini berupaya membuka lembaran baru dalam pengkisahan-pengkisahan sejarah perang saudara di Pahang yang lebih neutral, seimbang dan realistik. Semoga pengkaji-pengkaji sejarah Pahang di masa-masa akan datang dapat berlaku adil dalam menelusi sejarah sebenar Raja Bendahara Seri Maharaja Tun Mutahir Tun Ali.
Perang ini juga melibatkan orang-orang Lipis di Hulu Jelai, apabila Tok Raja yang berpengaruh pada mulanya memihak kepada Tun Mutahir berpaling sembah kepada Tun Ahmad yang telah menjadi Sultan Pahang Pertama. Salah satu bait syair oleh Suzana M. Osman
Tok Raja, Maharaja Perba, Jajahan Jelai, bawah perintahnya, Bila Tok Raja ubah setia, Rakyat Jelai, rela turutnya.
Tembeling diambil, oleh Tok Raja, Upah membantu, hai orang Rawa, Ahmad dipanggil, bila berjaya, Diangkat orang, lalu diraja.
Cerita ini merupakan cerita dari pihak keluarga Tun Mutahir.
Petikan dari buku ‘Mencari Sejarah Yang Hilang’ oleh : Suzana M.Osman